想要备份下在基因组所能用到的shell命令,包括日常科研和数据分析中应用到的工具,都会在这个系列中列出,不会涉及到机密性问题吧。。
同时真心希望Javaeye能够建立一个生物信息专栏,毕竟很多生物信息方面的从业者都是从计算机过来的,很多生物信息方向的学生都是Javaeye的忠实观众,很多bioinformatics的问题都是用Java和Python或者Perl解决的,这和Javaeye的关注是相同的。希望生物信息人能够在Javaeye找到属于自己的天地。I love Javaeye!
一:1:mkdirm
mkdir chromat_dir
mkdir edit_dir
2:phred –id chromat_dir –pd phd_dir -trim_cutoff 0.05 -trim_phd -trim_alt ""
3:phd2fasta –id phd_dir –os edit_dir/1609.seq –oq edit_dir/1609.seq.qual
4:phrap 1227.seq –view –new_ace >1609.out
5:formatdb -p F -o T -i Artemia_franciscana.txt -n Arte.db
blastall -p blastn -d Arte.db -i 1610.seq.contigs -o 1610.blast
perl EblastN.pl -i 1610.blast –o 1610.xls -e 0.001 -l 100
phred -id ../chromat_dir/ -pd phd_dir/ -trim_cutoff 0.05 -trim_phd -trim_alt ""
二:finishing
phred -id chromat_dir -pd phd_dir -trim_alt "" -trim_phd
phd2fasta -id phd_dir -os edit_dir/1609.seq -oq edit_dir/1609.seq.qual
cross_match mouse.seq pGMT.seq -screen >mouse.screen.out
phrap 1609.seq.screen –view –new_ace –revise_greedy >1609.out
三:恢复与E.coli同源的序列
mv wheat2.seq.qual wheat2.seq.screen.qual
phrap wheat2.seq.screen -new_ace > phrap.out
perl determine---.pl
四:预测ORF命令ls
long-orfs Contig70.fasta > longorf_out
打开文件longorf_out,去掉开头几行
extract Contig70.fasta longorf_out >train.seq
build-icm <train.seq >train.model
glimmer2 Contig70.fasta train.model > orf_list
打开文件orf_list,去掉putative gene 之前的东西
extract Contig70.fasta orf_list >orf_seq
perl ../../../perl/process_glimmer.pl -i orf_seq -n nuc70.seq -p pro70.seq
将orf.seq转换成fasta格式
五:formatdb -p F -o T -i wheat3.seq.screen.contigs -n wheat3contig.db
blastall -p blastn -d wheat3contig.db -i wprobesequences -o out3.blast
perl ../../perl/EblastN.pl -i out4.blast -o out4.xls -e 0.001 -l 100(overlap)
六:RepeatMasker –species human –no_is seq.fa(需要除重复的序列)
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