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感觉Perl里很麻烦的就是hash的变换了,这里给出一些复杂的变换  散列的数组 如果你有一堆记录,你想顺序访问它们,并且每条记录本身包含一个键字/数值对,那么散列的数组就很有用。在本章中,散列的数组比其他结构用得少一些。   1 组成一个散列的数组 你可以用下面方法创建一个匿名散列的数组:   @AoH = ( { husband => "barney", wife => "betty", son => "bamm ...
关于RefSeq的基本信息,可以参照一下几篇文章【开启传送门~!@#¥%……&*】 http://liucheng.name/381/ http://www.biosino.org/pages/ncbi-10.htm 官方版本:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/RSfaq.html   不过可能我现在更关注与RefSeq的格式说明,这一阶段的失败教训提醒我,数据分析的时候一定要搞清楚各个数据项的意义。 方便查阅 Accession Molecule Method @ Note 说明 
Integrated solutions * CLCbio Genomics Workbench - de novo and reference assembly of Sanger, Roche FLX, Illumina, Helicos, and SOLiD data. Commercial next-gen-seq software that extends the CLCbio Main Workbench software. Includes SNP detection, CHiP-seq, browser and other features. Commercial. Win ...
我只是将我正在看的视频和将要看的视频地址都罗列在这里,上海交大分子生物是必看中的必看,非常好,省去你不少学习生物的时间。清华的生物信息是用英文教学的,但是紧跟时代步伐。 做生物信息很多时候都是在做数据挖掘吧,所以这个也很重要。 另外为什么我会在下面列一些计算机的基础课程呢?很明显,你的老本行是计算机专业的,所谓进可搞科研,退可搞软件,另外基础扎实对你的研究也大有裨益。 如果你的英文足够好,也可以看看MIT的课程,这才是大师啊!  上海交大分子生物 http://hi.baidu.com/%D7%D4%B6%AF%BB%AF%CA%D3%C6%B5/blog/item/70691ddd3 ...
我研究数学的经验—丘成桐在台湾交通大学演讲 主持人林松山致辞: 今天我们非常高兴能够请到丘成桐院士来演讲,不是讲深奥的数学而是讲怎么去做深奥的数学,好的数学。这讲题是"我研究数学的经验",是丘院士研 ...
想要备份下在基因组所能用到的shell命令,包括日常科研和数据分析中应用到的工具,都会在这个系列中列出,不会涉及到机密性问题吧。。   同时真心希望Javaeye能够建立一个生物信息专栏,毕竟很多生物信息方面的从业者都是从计算机过来的,很多生物信息方向的学生都是Javaeye的忠实观众,很多bioinformatics的问题都是用Java和Python或者Perl解决的,这和Javaeye的关注是相同的。希望生物信息人能够在Javaeye找到属于自己的天地。I love Javaeye!   一:1:mkdirm mkdir chromat_dir mkdir edit_di ...
开始玩Python Challenge,理由有三: 0、Tim Peters的理由:"I've been using Python since 1991, and while I've always enjoyed it, I have to confess this is the most Python fun I've had this century! Excellent work. Thank you!" 1、"说到这里, 想起我们部门新来两位同事, 在使用 Python 做项目之前, 先沉下心来做了两周的 Python Challenge, 把 Pyth ...
本来想翻译来着,怕水平不够,就只翻译题目吧,反正英文都不难理解 7 Habits of Highly Ineffective People By Henrik Edberg With a twist to the common list of habits that are useful to establish, here are 7 habits that you do best to avoid. Just like finding habits that can be useful for you it’s important to find habits that are ho ...
  模式生物由于其结构简单、生活周期短、培养简单、基因组小等特点,在生物医学等领域发挥重要作用。模式生物作为材料不仅能回答生命科学研究中最基本的生物学问题,对人类一些疾病的治疗也有借鉴意义。常见的模式 ...
USACO下做算法,我这里给出第一题我的解答,这个模板不用我每次再重写了   /* ID: bbsunch2 PROG: ride LANG: C++ */ #include <iostream> #include <fstream> #include <string> using namespace std; int main() { ofstream fout ("ride.out"); ifstream fin ("ride.in"); string a, b; ...
RedHat系统下SVN服务器的搭建过程详解    1 环境:      服务器放在redhatAS4.0上,客户端在windows 2000。      2 软件包    我们需要两个文件,httpd和subversion。httpd是web服务器,用来通过web访问subversion。它们的下载地址为:http://httpd.apache.org/    http://subversion.tigris.org/       最好不要让root用户参与到svn的权限管理和日常的运行和维护工作中来,但是有一些安装和配置操作还是需要root用户来完成的,因为有些操作只有root才能做。权限问 ...
当Adobe、Microsoft、Sun等一系列巨头开始表现出对”开源”的青睐时,”开源”的时代即将到来! 最初来自:sinoprise.com/read.php?tid-662-page-e-fpage-1.html(遗憾的是这个链接已经打不开了),我基本未改动,只是进行了一些排版和整理。参考文献:http://www.fsf.org/licensing/licenses/ 现今存在的开源协议很多,而经过Open Source Initiative组织通过批准的开源协议目前有58种(http://www.opensource.org/licenses/alphabetical)。我们在 ...
在python有各种各样的string操作函数。在历史上string类在python中经历了一段轮回的历史。在最开始的时候,python有一个专门的string的module,要使用string的方法要先import,但后来由于众多的python使用者的建议,从python2.0开始, string方 ...
    这是我在中科院写的第一个python程序,导师让我统计关于病毒和细菌数据库的信息,我决定趁此机会学习python,并写一个GUI程序,读取我的信息列表。     把代码放在下面,不违反我们所的保密协议吧,哈哈。涉及的东西有tk的label,text,scrollbar,访问数据库这些内容 #copyright @ ChenSun Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences 2009 from Tkinter import * root = Tk() #read the database ...
 1.确定方向 不走冤枉路   俗话说:"马壮车好不如方向对",这句话的典故来自春秋战国时期,有位夫子备了很多物品,欲前往南方楚国,便向路人问路,路人答:"此路非往楚国。"夫 子说:"我的马很壮,没关系。"路人又再强调这不是去楚国的方向,夫子依然固执的说:"我的车很坚固。"路人只好叹息的说:"这不是往楚国的方向啊!"方 向错误,再怎么努力都枉然。  仔细想想做这项工作的重点是什么,希望藉此得到什么结果,这样做之后是不是真的能得到想要的结果,与你的主管及上下游流程的同事一同讨论,再决定整个方向 ...
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